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於1942年2月3日在西貢黃毛應教堂成立“廣東人民抗日游擊總隊港九獨立大隊”（下稱東江縱隊），從事敵後工作。在這裡，要巨細無遺地介紹東江縱隊在西貢的事蹟，尚不可能，只能夠介紹幾個現在仍有跡可尋的地方。
刺探及傳遞敵人軍情，是東江縱隊其中一項重要工作，於是在西貢墟的不夜天咖啡室（即今日天后廟旁西貢正街的大華車衣店）建立起地下聯絡系統，掩人耳目地進行抗日工作。
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。二戰結束後，英國恢復對香港的管治，英軍李芝上將專程到西貢，頒贈「忠勇誠愛」錦旗，答謝西貢鄉民。而當年頒贈錦旗之地，就是西貢天后廟。 西貢碼頭，也曾是游擊隊出入的地方。游擊隊營救文化人和盟軍軍人後，巧妙安排部分人在此上船，脫離日軍的魔掌，將他們輾轉送往南澳、惠陽等地。 由西貢舊墟碼頭乘搭街渡，可到東江縱隊游擊隊一處據點：鹽田梓。在這個小島，有1890年興建的聖若瑟教堂。抗戰時，日軍曾把神職人員和村民關在教堂內，逼他們供出東江縱隊游擊隊隊員藏身之地，但他們不肯說，有神父甚至被凌辱至死。
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